На четырнадцатой строчке сезон 2015/16 РОСГОССТРАХ Чемпионата России завершила краснодарская Кубань. Но остаться в РФПЛ у Кубани не получилось, команда проиграла в стыковых матчах и оказалась в ФНЛ.
Третий год результаты Кубани пошли на спад. Нынешний чемпионат сразу не задался для краснодарцев. Первые восемь туров Кубань отыграла на ноль в графе «победы». Поражение, три ничьи кряду, три поражения подряд и ничья. И лишь в девятом туре желто-зеленые добыли первую победу, неожиданно обыграв Спартак 3:0. Но уже в следующем туре команда вновь проиграла. Со старта октября Кубань смогла набрать очки, три раза кряду сыграв вничью, даже отобрав очки у Зенита, после чего добыла вторую победу. Вновь Кубань обыграла московскую команду, теперь пострадал Локомотив, которого южане обыграли красиво 6:2. Но вновь после победы началась серия неудач – две ничьи и два поражения. 2016 год Кубань встречала в зоне переходных матчей.
Весенняя часть вышла в исполнении Кубани не лучше. Стартовое поражение сменилось третьей победой в сезоне. После чего стали ощутимы проблемы внутри клуба, существовала задолженность по зарплате. Семь матчей без побед. Краснодарский клуб после проигрыша и ничьи смог навязать борьбу Спартаку, сыграв с красно-белыми вничью. Кубани немного не хватило для ничьи с лидером Ростовом. Желто-зеленые минимально проиграли прямому конкуренту Анжи, из-за чего команду покинул тренер команды Ташуев.
Без него Кубань проиграла следующие два матча, один из которых очному сопернику – Мордовии. В такой ситуации вновь на помощь пришли матчи с москвичами. Кубань второй раз обыграла Локомотив, на сей раз скромно 1:0 благодаря голу Павлюченко. А в следующем туре с таким же счетом и с тем же автором гола Кубань выиграла у Динамо. Две победы помогли Кубани подняться на 12, безопасную позицию, однако свое преимущество южане не доказали в последнем туре. Краснодарцы проиграли Уралу, из-за чего вновь опустились в зону переходных матчей.
В плей-офф за право играть в РФПЛ Кубань не смогла пройти Томь, минимально выиграв в первом матче, но проиграв 2:0 во втором.
Кубань опускается в ФНЛ.